Automatické zpracování snímků buněk z mikroskopu
Project leader:
Soukup
Others:
Jan Kotera, Filip Šroubek
Supported by:
Grantová agentura UK, grant No. 914813/2013
Duration:
2013 - 2015
Abstract:
Automatic processing of microscopic images allows (compared to manual processing by human operator) a better and more efficient acquisition of a large amount of information stored in the captured images. When working with time-lapse images, we need to segment cells from the background, to determine their exact boundaries and monitor their movements. These results can be very helpful to biologists and other scientists in their research. The project deals with images of somatic cells acquired by a phase-contrast microscope. The project aims to reduce the influence of artifacts present in these images and improve methods for processing such images. Another objective of the project is to create an application that will process such images and obtain information about the behavior and movement of cells. <br> <br> Automatické zpracování mikroskopických snímků umožňuje (oproti manuálnímu zpracování lidským operátorem) lépe a efektivněji zpracovat a obsáhnout velké množství informací uložených v pořízených snímcích. Při počítačovém zpracování časosběrných snímků je potřeba segmentovat buňky od pozadí, určit jejich přesné hranice a sledovat jejich pohyb. Tyto výsledky pak slouží k další práci a výzkumu biologů a dalších vědců. Projekt se zabývá snímky somatických buněk pořízených pomocí mikroskopu na bázi fázového kontrastu. Cílem projektu je redukovat vliv artefaktů přítomných na těchto snímcích a vylepšit metody zpracování takovýchto snímků. Dalším cílem projektu je vytvořit program, který umožňuje získat ze snímků co nejvíce informací o buňkách a jejich chování.