Systém pro podporu vyhodnocování snímků z fluorescenční mikroskopie
V přednášce budou posluchači seznámeni s problematikou řešenou v projektu GenEx "Systém pro podporu vyhodnocování metody FISH".
Metoda FISH, neboli fluorescenční in-situ hybridizace, je jednou ze základních technik, používaných v molekulárně cytogenetických analýzách. Podstatou metody je označení hledané sekvence DNA nebo RNA pomocí sondy značené fluorescenčním barvivem, která se na hledanou sekvenci naváže v procesu hybridizace. Vzorky, obsahující označené sekvence, jsou následně vyhodnocovány pomocí mikroskopu. V průběhu jedné analýzy přitom vznikne soubor desítek až stovek snímků, které je třeba zpracovat.
Cílem projektu, podporovaného grantovou agenturou TAČR, je navrhnout systém pro podporu vyhodnocení takto získaných snímků pomocí metod zpracování obrazu a statistických metod, se zaměřením na vyhodnocování tzv. nízkofrekvenčních chromozomálních aneuploidií - odchylek v počtu chromozomů s nízkou četností výskytu.
V naší přednášce se budeme zabývat především tou stránkou projektu, která se týká použití metod zpracování obrazu. V průběhu přednášky vysvětlíme stručně princip in-situ hybridizace, funkci epifluorescenčního mikroskopu a na ukázkách typické snímků se seznámíme s příklady objektů (buněčných jader a hybridizačních signálů), které je třeba vyhodnocovat, včetně 'nevyhovujících' objektů. Posluchače seznámíme s postupy, které jsme pro řešení úlohy dosud použili.